Trong hơn 6 năm hoạt động, SAEXIM không ngừng phát triển góp phần đáng kể vào sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa ngành Nông nghiệp Việt Nam trong thời kỳ đổi mới. Để ghi nhận những thành tích đã đạt được, Công ty Cổ Phần Đầu Tư & Xuất Nhập Khẩu Nông Sản Miền Nam đã nhận được nhiều giải thưởng, danh hiệu cao quý do Nhà Nước, Bộ Nông nghiệp &PTNT và các tổ chức trong nước, quốc tế trao tặng.